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表达序列标签(EST)广泛应用于基因功能研究和分子标记开发。以普通烟草两个二倍体祖先种绒毛状烟草(Nicotiana tomentosiformis,TT)和林烟草(Nicotiana sylvestris,SS)多个组织为试验材料,使用CloneMiner cDNA文库构建方法构建了均一化全长cDNA文库,测序并进行序列拼接、功能注释、进化分析和标记开发。绒毛状烟草和林烟草均一化全长cDNA文库...
基于EST序列的烟草cSNP发掘
单核苷酸多态性 序列表达标签 单体型 烟草
2015/8/27
SNP标记是一类应用广泛的第三代分子标记。从GenBank下载普通烟草EST序列共计317 175条,用CAP3软件对序列进行拼接。设定SNP位点的冗余度大于2,采用AutoSNP软件检测cSNP。结合位点所在序列的文库和品种信息以及多个SNP位点的共分离分值来评价其可信度。结果表明,317 175条普通烟草EST拼接成重叠群中15 429个重叠群至少包含4个读长,鉴定出53 477个冗余度大于2...