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本发明公开了一种葡萄抗寒性相关的SNP分子标记及其应用,通过前期筛选得到抗寒性强的葡萄品种和抗寒性弱的葡萄品种之间具有显著表达差异的VvCML基因，在VvCML基因上挖掘得到了具有显著差异的SNP位点，突变位点为148bpC/T的突变。本发明通过鉴定VvCML基因序列与葡萄抗寒性的关系，开发了与抗寒性相关的SNP分子标记，并进一步进行四引物法直接PCR分型，实现对葡萄幼苗直接而快速的遗传鉴定，可对...
本发明中公开了一种马尾松高产脂功能SNP标记的筛选方法及其应用。该方法包括如下步骤：采集无性系马尾松的松脂并分别测定其产脂力大小，再从产脂力高、中、低的无性系马尾松样本中收集组织材料，提取RNA后进行PacBio全长转录组测序，同时开展二代转录组、代谢组、蛋白组测序并进行差异表达分析筛选候选基因，以此开发SNP功能标记。本发明方法只需针对少数样品进行转录组等多组学测序，具有较高的SNP位点开发效率...
广东省林业科学研究院专利：一种鉴定肉桂醛型阴香的SNP分子标记及其引物和应用
肉桂醛型阴香 SNP 分子标记 鉴定引物
2024/5/20
本发明属于分子生物的技术领域，具体涉及一种鉴定肉桂醛型阴香的SNP分子标记及其引物和应用。所述SNP分子标记位于基因Cbur03G002680的第6和第7外显子之间的9个位点，包括第11位点、第146位点、第157位点、第176位点、第197位点、第206位点、第236位点、第238位点和第242位点；所述第6和第7外显子之间的基因核酸序列如SEQ ID NO.4所示，所述SNP分子标记用于鉴定肉...
本发明属于分子生物的技术领域，具体涉及一种与阴香植物龙脑含量紧密关联的基因、SNP分子标记及其引物和应用。所述基因编号为Cbur03G002680，其编码序列如SEQ ID NO.1所示。所述SNP分子标记为基因Cbur03G002680的第7个外显子中的第14位点、第16位点和第135位点；所述第7个外显子的核酸序列如SEQ ID NO.2所示；所述SNP分子标记，为通过筛选阴香Cbur03G0...
中国农业科学院棉花研究所专利：与棉花衣分性状显著相关的基因、SNP标记及其应用
棉花 衣分性状 基因 SNP标记
2024/5/13
本发明涉及棉花衣分性状分子生物学领域，特别涉及与棉花衣分性状显著相关的基因、SNP标记及其应用。与棉花衣分性状显著相关的基因，为基因Gh_D05G1124和/或Gh_D05G0313。本发明以276份陆地棉材料为材料，种植于多个环境中，采用CottonSNP63K基因芯片进行基因分型，共获得10660个高质量的SNPs，用于遗传结构分析和GWAS。结果共发现23个与衣分性状显著相关的SNPs，对应...
本发明属于棉花分子育种技术领域，公开了一种与陆地棉纤维强度相关的SNP分子标记及其检测和应用。所述的SNP分子标记是以棉花稳定的RIL群体为材料，通过基因组重测序的方法得到。利用本发明所公开的这些SNP标记，进行分子标记辅助育种选择，可大大缩短育种周期，提高棉花纤维强度的育种效率。
本发明属于棉花分子育种技术领域，公开了一种与陆地棉纤维强度相关的SNP分子标记及其检测和应用。所述的SNP分子标记是以棉花稳定的RIL群体为材料，通过基因组重测序的方法得到。利用本发明所公开的这些SNP标记，进行分子标记辅助育种选择，可大大缩短育种周期，提高棉花纤维强度的育种效率。
本发明涉及棉花SNP标记领域，具体而言，涉及提高棉花衣分的SNP标记以及高产棉的鉴定和育种方法。本发明通过对衣分性状显著改良的优异亲本及其系谱材料的基因组重测序数据分析，鉴定出一个显著提高衣分性状的SNP标记，可以通过选择该标记位点的有利等位变异(GG基因型)选择高衣分的材料，大幅度提高了选择效率和准确性，显著缩短高衣分材料的培育年限。
中国农业科学院棉花研究所专利：与陆地棉纤维强度一般配合力关联的SNP分子标记
陆地棉 纤维强度 SNP 分子标记
2024/5/11
本发明公开与陆地棉纤维强度一般配合力相关的SNP分子标记，所述SNP分子标记位于SEQ ID No.1～SEQ ID No.146任一所示核苷酸序列的第50位核苷酸。本发明提供的与陆地棉纤维强度一般配合力相关的SNP分子标记可以用于陆地棉纤维强度一般配合力的早期预测和筛选，还可以用于纤维强度一般配合力的分子标记辅助育种。其直接以DNA的形式表现，不存在表达与否等问题。在陆地棉的各个组织、各个发育阶...
本发明公开了一种与陆地棉纤维长度主效QTL位点qFL-chr06-2、qFL-chr11-1、qFL-chr16-1、qFL-chr17-2、qFL-chr19-1和qFL-chr26-1紧密连锁的分子标记，本发明利用鲁棉研28×新陆早24陆地棉种内重组自交系群体，通过在新疆和黄河流域两地的多年多点9个环境下，对该重组自交系群体进行棉花纤维长度进行表型鉴定。同时利用棉花SNP80K芯片对该群体进行...
本发明属于生物技术领域，公开了中棉所70群体中与棉花纤维强度相关的一个QTL，位于陆地棉24号染色体，定位到6个SNP分子标记，定位到116个基因并对其中一些基因的表达模式进行了分析。本发明还公开了一种与棉花相关的QTL的应用，该QTL和SNP分子标记可用于分子标记辅助选择育种，显著提高强度纤维品系的选择效率，为进一步提高纤维品质提供了一种最经济有效的分子育种新途径。
中国科学院西双版纳热带植物园（以下简称“版纳植物园”）植物系统发育与多样性保护研究组选取黄杞（Engelhardia roxburghiana）为研究物种，利用生物信息学软件STACKS，探索使用不同参考基因组对SNP Calling的影响。该研究围绕两种不同参考基因组：使用近缘种（即枫杨：Pterocarya stenoptera）作为参考基因组，以及利用物种本种（即黄杞）作为参考基...
中国科学院昆明分院不同参考基因组对RAD-seq分析中SNP Calling的影响（图）
基因 分析 群体进化
2024/5/26
随着新一代测序技术兴起，基于酶切的简化基因组测序（Restriction-site associated DNA sequencing，RAD-seq）由于不受参考基因组的限制，成为快速获取生物高密度单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）的主流手段，被广泛运用于变异检测、遗传图谱构建、功能基因挖掘、群体进化分析等研究中。尽管在RAD-seq分析中对S...
陆地棉25号染色体与纤维强度相关的SNP分子标记。本发明属于棉花分子育种技术领域，公开了一种与陆地棉纤维强度相关的SNP分子标记及其检测和应用。所述的SNP分子标记是以棉花稳定的RIL群体为材料，通过基因组重测序的方法得到。利用本发明所公开的这些SNP标记，进行分子标记辅助育种选择，可大大缩短育种周期，提高棉花纤维强度的育种效率。