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系统发生分析被广泛应用于研究不同生物DNA、蛋白质序列的进化关系。PAUP 和TreePuzzle是目前使用较多的系统发生分
析软件，但其使用方法较为复杂，不易被初学者掌握。从序列信息模块、序列参数模块、运算命令模块3 个方面介绍了PAUP软件的
使用方法，同时也对TreePuzzle软件的使用和进化树的编辑与注释方法做了简单介绍。