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靶标蛋白质与小分子间的卤键相互作用研究取得新进展（图）
靶标蛋白质 小分子间 卤键
2014/8/5
卤素取代已被广泛应用于苗头化合物到先导化合物（hit-to-lead）以及到药物（lead-to-drug）的优化过程中，许多药物和临床研究中的候选药物中都包含卤素。近年来，研究发现Lewis碱（O、N和S）和酸（Cl、Br和I）之间形成的分子间非键相互作用即卤键相互作用在蛋白质与配体识别与结合过程中起着重要作用。
内源性或者环境中的甲基化分子会在多个部位修饰胞内DNA，由此引致诱变性病变甚至致死。为了避免甲基化引起的不良后果，生物体内存在多种DNA甲基化损伤修复机制以保持基因组的完整性，这其中包括了DNA糖基化酶、DNA甲基转移酶以及AlkB介导的氧化脱甲基酶这三类主要的酶类。大肠杆菌AlkB蛋白是依赖于Fe2+和α-酮戊二酸的一种氧化脱甲基酶，它可以氧化目标甲基基团并释放出甲醛以避免DNA甲基化损伤。
石杉碱甲溶剂化物的同质多晶和类质同晶：结构，性质以及相转变（图）
石杉碱甲溶剂化物 同质多晶 类质同晶
2014/7/30
石杉碱甲（(-)-huperzine A）是一种从民间草药蛇足石杉（Huperzia serrata）中分离到的新型石松类生物碱，在1994年被成功开发应用于治疗AD病患。同时，石杉碱甲还对多种实验性记忆损害以及AD、VaD等神经退行性疾病都有一定的治疗作用。前一段时间我们刚报道了石杉碱甲的三种无水晶型，研究结果表明所有的无水晶型只能在50摄氏度以上的条件下获得，在室温或以下温度往往只能得到水合物...
基于酪氨酸激酶的抗肿瘤药物研究是近年来抗肿瘤药物研发的热点。肝细胞生长因子受体c-Met和血管内皮生长因子受体VEGFR-2是酪氨酸激酶家族的重要成员，研究表明同时抑制c-Met和VEGFR-2对肿瘤的治疗具有重要意义。目前已有多个c-Met/VEGFR-2激酶抑制剂进入临床研究阶段，典型的如XL184、XL880、E7050和MGCD265等。
中国科学院上海药物研究所通过构象选择地共晶形成稳定维生素D3（图）
构象选择 地共晶 维生素D3
2014/8/5
维生素D3 (VD3)可用于治疗骨软化和骨质疏松症，物理和化学性质均不稳定。其结构存在一个不稳定的共轭三烯，易发生局部化学反应。因此，VD3必须根据USP 34在特定的控制条件下储存和运输，并且由于不理想的固体性质，很少被制备成固体制剂，至今还没有有效的方法能解决其稳定性问题。
中国科学院上海药物研究所发布免费在线药物靶标预测平台（图）
药物靶标 预测平台 蛋白质 临床靶标数据集
2014/7/22
药物靶标的识别与验证是药物发现过程中至关重要的第一步，在药物研发过程中，30%-40%的在研药物由于药物靶标选择的不恰当而以失败告终。因此，发展一种高效的计算方法来预测新的药物靶标就显得尤其重要。
中国科学院上海药物研究所发现线粒体复合物Ⅲ抑制剂改善代谢综合症（图）
线粒体 复合物 Ⅲ抑制剂 代谢综合症
2014/7/22
二甲双胍、噻唑烷二酮类抗糖尿病药物都具有调控线粒体的功能，并且其抗糖尿病的作用与抑制线粒体呼吸从而调控细胞能量状态有关。线粒体功能调节剂展现了改善代谢综合症的有利效应，中国科学院上海药物研究所李佳研究组利用线粒体复合物Ш的抑制剂嘧菌酯（azoxystrobin，AZOX，一种常用农药）作为工具化合物，发现其改善高脂诱导胰岛素抵抗小鼠的糖脂代谢紊乱，增加对胰岛素的敏感性。该研究结果为线粒体复合物Ш的...
中国科学院上海药物研究所中国红树林植物木榄内生真菌的研究取得新进展（图）
中国 红树林 植物木榄 内生真菌
2014/8/5
上海药物所郭跃伟研究组一直致力于中国红树林植物木榄Bruguiera gymnorrhiza次生代谢产物的研究，并从中分离得到系列结构新颖的大环硫醚类化合物及双萘螺环类化合物。这两类化合物分别具有显著的Ⅱ型糖尿病靶标分子hPTP1B（human protein-tyrosine phosphatase 1B）抑制活性和体外细胞毒活性。近年来，为了更深层次了解木榄B. gymnorrhiza中活性分...
从梅叶冬青的根中发现的3个24位去甲基化降三萜新化合物（图）
梅叶冬青 去甲基 三萜 化合物
2014/8/5
梅叶冬青，一种广泛生长于中国南方和东南亚地区的落叶灌木，民间广泛的用于抗病毒和治疗细菌感染，如感冒、扁桃炎、咽喉炎、气管炎、百日咳的治疗，此外，也是抗病毒和治疗细菌感染的众多中药饮片的重要组成部分。
蛋白质是生命活动中最重要的一类的大分子，参与了如免疫、催化、信号传导等大部分生命活动。当蛋白质在发挥功能时，经常伴随着比较大的构象变化。另外，一些重要的配体和药物分子能够与靶蛋白的特异性构象结合，从而发挥调节靶蛋白的功能的作用。因此对蛋白质的构象变化及其与配体间相互作用的研究，就成为研究蛋白质结构功能及药物设计的重要问题。
AMP依赖性蛋白激酶（AMPK）是细胞内的能量感受器，一旦被激活会开启细胞内产生ATP的通路，关闭细胞内消耗ATP的生物合成通路。这意味着AMPK可以作为治疗和预防二型糖尿病的潜在药物靶点。然而近几年来只有少量的AMPK直接激活剂被报道，这可能部分源自经典测活方法如滤纸法的高成本和低通量的特性。
中国科学院上海药物研究所蛋白质折叠计算模拟研究取得进展（图）
蛋白质 计算模拟 大规模计算机 生物体系
2014/7/18
在生物体系中，蛋白质通过折叠成特定的三维结构发挥功能。这种折叠过程可能受到不同因素的影响，如配体结合、聚合状态等。充分理解蛋白质折叠过程对于药物分子设计、蛋白质突变所导致致病机理的预测、深入了解细胞功能以及进化都至关重要。大规模计算机模拟有潜力从原子水平捕捉整个蛋白系统的动态过程，但是对于现在的计算条件而言，要达到生物相关的时间模拟尺度仍是一个非常大的挑战。
中国科学院上海生命科学研究院上海药物所蛋白质折叠计算模拟工作取得进展（图）
蛋白质 折叠计算 模拟工作
2014/7/29
在生物体系中，蛋白质通过折叠成特定的三维结构发挥功能。这种折叠过程可能受到不同因素的影响，如配体结合、聚合状态等。充分理解蛋白质折叠过程对于药物分子设计、蛋白质突变所导致致病机理的预测、深入了解细胞功能以及进化都至关重要。大规模计算机模拟有潜力从原子水平捕捉整个蛋白系统的动态过程，但是对于现在的计算条件而言，要达到生物相关的时间模拟尺度仍是一个非常大的挑战。
2014年7月10日下午，应天然药物及仿生药物国家重点实验室贾彦兴教授邀请，剑桥大学的David R. Spring教授来我室进行学术交流访问，并做学术报告。报告会由贾彦兴教授主持。David R. Spring，现为英国剑桥大学教授、剑桥大学三一学院院士、英国皇家化学学会会员、剑桥大学化学系企业联营方案主席、“剑桥分子治疗方案”研究会创始人、剑桥大学化学生物学和分子医学博士培养系统创始人和导师，...
