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云芝全基因组SSR位点分布及比较分析
微卫星 简单序列重复 多孔菌目 伞菌纲
2017/11/29
本研究采用生物信息学方法统计分析了云芝基因组中SSR位点的数量、分布及频率等信息，对云芝基因组中含SSR的基因进行了功能注释，与其他5种伞菌纲真菌（双孢蘑菇、黑管孔菌、红缘拟层孔菌、金针菇和鲜红密孔菌）基因组进行了比较。结果发现云芝基因组中共有1 224个SSR位点，相对丰度为27个/Mb，三核苷酸重复类型分布最频繁。其中编码基因序列中包含299个SSR，仅次于基因间区，但是在非编译区、基因间区和...
构建骨干品种（系）指纹图谱，可为新品种的审定和品种保护建立准确可靠的依据，也是适应玉米育种快速发展的需要。分别利用74对SSR引物对35份骨干自交系和19份主栽杂交种进行了SSR分析。筛选出10对和20对适于玉米自交系和杂交种分析的核心引物，分别检测出115和124个等位变异，将扩增条带数字化，构建了自交系和杂交种的指纹图谱，出现相同指纹图谱的概率分别为3.13×10-11和5.59×10-25。...
基于EST-SSR研究芝麻地方种质不同大小繁殖群体间多态性
EST-SSR研究 芝麻地方 种质繁殖群体 多态性
2011/8/31
此研究从1份芝麻地方种质的200株总样本中随机抽取20、25、30、35、40、45、50、55组成不同大小的群体，基于15对EST-SSR标记从DNA水平上分析不同群体间多态性特点。结果表明，群体样本大小至少应为30~35株可代表该种质的遗传特性，田间实际采用不小于60~70株作为芝麻地方种质的繁殖更新群体将能较好避免基因漂变，此研究结果将为确定基因库芝麻地方种质资源繁殖更新适宜的样本大小提供理...
为通过基因突变途径创造新的小麦种质资源，在小麦苗的起身拔节期将0~50 μg/mL不同浓度的盐酸平阳霉素溶液通过叶鞘注射到小麦品种‘兰考矮早8’的生长点部位，其后代在株高、蜡质层、芒型、穗型、叶绿素、生育期等几个方面发生大量变异。通过对变异后代的系统选择得到了多个稳定的变异种质系；通过对‘兰考矮早8’及两个种质系pyms-6、pyms-2基因组DNA的SSR分子标记检测，引物xgwm148、xgw...
小麦-黑麦代换系间杂交后代的SSR分析
小麦 黑麦代换系间 杂交后代 SSR分析
2011/9/15
为了深入了解7个大穗型小麦品系的遗传基础及更好地利用其对小麦进行遗传改良，利用SSR技术，对从小麦-黑麦代换系5R/5A与6R/6A杂交后代中选育的大穗型品系08-4、08-5、08-6、08-7、08-8、08-9、08-12进行了分析。结果表明，使用位于黑麦染色体上的17个SSR引物，在15个引物位点上，7个品系带型同普通小麦的相似。从所用引物中筛选出引物Xgwm247-6RL，在08-4、0...
陕西汉中地区主栽水稻品种的SSR多态性分析
陕西汉中地区 主栽水稻品种 SSR 多态性分析
2011/9/15
掌握陕西省汉中地区主栽水稻品种的遗传多样性，了解其遗传背景，明确各品种间的亲缘关系。从水稻12条染色体上的30个SSR标记中筛选出14对有效引物，对陕西省汉中地区20个主要种植的水稻品种的遗传多样性进行分析。结果共检测到69个等位基因，平均每个标记检测到5个等位基因，每个SSR位点的遗传多态性信息含量在0.27~0.74之间，平均值为0.48。聚类分析表明，20个水稻品种的遗传相似系数集中在0.5...
大豆二核苷酸SSR侧翼序列保守性分析
大豆二核苷酸SSR 侧翼序列 保守性分析
2015/9/23
从NCBI下载了大豆的EST和GSS序列，以SSR两侧序列各100 nt的片段作为分析材料，统计SSR数目、计算侧翼序列碱基组成，对SSR侧翼序列进行了序列比对和数据库blast搜索。结果表明：大豆SSR分布频率为1/6.67kb，侧翼序列GC含量为37.83%，二核苷重复是SSR的主要类型（65.7%），同一种重复基元的SSR存在多类型侧翼序列，同一类型的侧翼序列高度保守，不同类型的侧翼序列之间...
杂交育种依然是我国油菜育种的主要方法, 杂种优势的利用仍然是提高产量的重要途径。为了解我国甘蓝型油菜的遗传变异, 采用16个EST-SSR标记对近年来推广的91个品种的遗传多样性进行了分析。共扩增到100个条带, 其中84个多态性带, 多态性比率为84%。平均每对引物扩增的带数和多态性带数分别为6.25个和5.25个。多态性信息含量(PIC)变化在0.022–0.926之间, 平均为0.677, ...
正交设计优化稻瘟病菌SSRPCR反应体系
稻瘟病菌 SSRPCR 体系优化
2009/9/1
［目的］ 筛选最佳的稻瘟菌SSRPCR反应体系。［方法］ 利用正交设计对稻瘟菌SSRPCR反应体系中的5个因素（Taq DNA聚合酶、Mg2+、模板DNA、dNTP、引物）在4个水平上进行优化试验，筛选出各反应因素的最佳水平并进行退火温度梯度试验筛选最佳的退火温度。［结果］ 稻瘟菌SSRPCR反应的最佳体系为：反应总体积为20 μl，Taq DNA聚合酶1.0 U，Mg2+...
用SSR标记和巢式PCR快速检测大豆疫霉菌
大豆疫霉菌 SSR标记 分子检测 巢式PCR
2009/8/31
【目的】建立快速、准确的大豆疫霉菌检测和病害早期诊断分子技术。【方法】基于大豆疫霉菌SSR标记Psc239设计两对引物Psc239EF/Psc239ER和Psc239F/Psc239R，建立特异性检测大豆疫霉菌的巢式PCR方法。【结果】用36个大豆疫霉菌分离物和25个其他卵菌和真菌分离物基因组DNA评价引物及巢式PCR的专化性，引物对Psc239EF/Psc239ER、Psc239F/Psc239...
应用核基因组SSR和叶绿体基因组SSR，分析了枳属28份枳及枳杂种种质的遗传多样性及其与近缘属植物的亲缘关系。核基因组SSR分析表明普通枳的遗传差异明显，22个SSR位点的平均多态性信息含量（PIC）为0.51，平均期望杂合度为0.52，表明中国枳种质资源具有较丰富的遗传多样性。在遗传距离约0.16时，22份普通枳可以分成4个类型。叶绿体基因组SSR分析则发现普通枳间基本无差异，表明以母系遗传为特...
沙棘SSR分子标记的开发
沙棘 SSR 引物开发
2009/4/28
利用已报道的葡萄SSR 引物筛选适用于沙棘的SSR 引物。结果表明, 在供筛选的107 对引物中, 只有1 对引物在沙棘中无扩增位
点, 有效扩增比率为99 .07 %; 共有46 对引物的在2 个沙棘品种间扩增出多态性位点, 有效扩增比率为42 .99 %, 扩增产物共表现出100 个等位基因, 其中差异等位基因数为70 个, 每对引物的等位基因数为1 ～4 个, 平均为2 .174 个。根据...
为了分析大豆EST-SSR的特征和比较其不同长度EST序列中的SSR特性，从NCBI下载了大豆EST序列，应用SSRIT搜索SSR，分析了20 183个无冗余的EST序列，发现了1747个EST序列（8.66％）含有SSR，长度超过400 bp的EST序列含SSR的比例为10.05％，而长度在400 bp以下的EST序列SSR的比例为4.74％。二核苷酸和三核苷酸SSR是大豆EST-SSR的主要类...
ＳＳＲ 引物序列常用于近缘物种的遗传学研究，但存在很大的盲目性和分析结果的不可预见性。本研究采用我国９种披碱草属植物，利用不同来源微卫星引物进行遗传学分析，结果显示，披碱草属的６个和小麦的５个微卫星引物在我国９种披碱草属植物具有稳定的扩增效果和较好的遗传学分析功能；相对而言，位点ＥＣＧＡ２２、ＥＣＧＡ１１４、ＥＡＧＡ５１和ＷＭＳ４３遗传信息含量较高，对构建披碱草属植物高密度的微卫星种（品种）指纹是...