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国际上首个橡胶草高密度SNP遗传图谱构建
天然橡胶 工业原料 三叶橡胶树 橡胶草
2023/7/4
天然橡胶是世界四大工业原料之一，巴西三叶橡胶树一直是天然橡胶的主要来源，但由于种植面积限制、生产成本增加、遗传背景狭窄和病虫害严重等因素，橡胶生产逐渐难以满足需求。因此，开发生产天然橡胶的替代资源具有重要的战略意义和经济价值。
广东省农业科学院果树研究所首次利用自主构建的荔枝cDNA文库、转录组数据库、基因组测序及重测序数据库，大规模开发荔枝EST-SSR和SNP分子标记，并成功应用于荔枝育种领域，率先建立起荔枝EST-SSR与SNP分子标记辅助育种技术平台，创建了广东省荔枝分子标签工程技术研究中心，相关科技成果获2019年度广东省科学技术进步奖二等奖。
旨在研究马身猪保种群体的遗传多样性、亲缘关系和家系结构。本研究利用Illumina CAUPorince 50 K SNP芯片检测39头保种马身猪的单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）；采用Plink软件计算最小等位基因频率、多态信息含量、观察杂合度和期望杂合度，分析保种群体的遗传多样性；采用Plink软件构建状态同源（identity by st...
对保存在国家种质武汉水生蔬菜资源圃内来自国内外不同地区的19 份豆瓣菜种质资源的8 个农艺性状进行调查分析，并利用SLAF-seq 技术对豆瓣菜种质资源进行简化基因组测序，研究其遗传多样性。结果表明：质量性状（叶色、茎色、顶端小叶形状）变异不明显；数量性状（顶端小叶长、顶端小叶宽、株高、茎粗、叶柄长）变异系数较低（7.69%～16.45%），说明数量性状的变异范围较窄，但仍存在具有优良性状的资源，...
鸡胰岛素样生长因子2基因(IGF2)外显子区功能性SNP预测与分析
鸡 IGF2基因 SNP功能预测 生物信息学
2021/3/9
旨在采用生物信息学方法筛选鸡IGF2基因中具有潜在生物学功能的非同义单核苷酸多态性（non-synonymous single nucleotide polymorphisms，nsSNPs）位点，为开展标记辅助选择改良鸡重要经济性状提供理论参考。本研究从dbSNP数据库中检索出鸡IGF2基因的12个nsSNPs位点，利用生物信息学软件SIFT、Polyphen-2、PhD-SNP和SNAP预测其...
为开发与草鱼生长性状相关的基因以及单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)标记，本研究采用转录组测序技术(RNA sequencing，RNA-Seq)对草鱼快长组和慢长组的肝脏、肌肉和脑组织分别进行分析，共获得31 465万条高质量短读序(clean reads)，经组装得到34 147条拼接基因(unigene)，平均长度为1 060 bp，其中有...
QTLs identification for nitrogen and phosphorus uptake-related traits using ultra-high density SNP linkage
QTL F2 populations QTL mapping Nitrogen Phosphorus Rice
2023/4/21
To understand the genetic basis of nitrogen and phosphorus uptake in the cultivated rice, quantitative trait loci (QTL) analysis for 7 nitrogen and phosphorus uptake-related traits including above-gro...
水稻直播由于省时、省工和节约成本而备受农户关注。然而, 芽期耐冷性不强致使现行推广的许多优良水稻品种不适于直播生产。因此, 挖掘鉴定芽期耐冷位点, 为后续的辅助育种提供基因资源就日益受到重视。本研究利用丽江新团黑谷和沈农265构建的重组自交系群体及其重测序构建的包含2818个bin标记的遗传图谱对水稻芽期的耐冷性进行QTL定位分析。共检测到5个芽期耐冷QTL, 分布在水稻的1号、3号、9号和11号...
新疆是我国西北重要的小麦优势产区和消费区。解析新疆冬小麦地方品种与育成品种之间的遗传多样性和亲缘关系, 对新疆冬小麦育种中杂交组合的合理选配以及后代选择具有重要的指导意义。本研究利用小麦55K SNP (single nucleotide polymorphism)芯片对134份新疆冬小麦地方品种及54份育成品种进行全基因组扫描, 估算其品种间的遗传距离, 揭示其遗传多样性。结果表明, 所有 SN...
利用猪1.4M高密度SNP芯片检测巴马香猪全基因组拷贝数变异
巴马香猪 拷贝数变异 1.4M高密度SNP芯片
2021/3/11
旨在检测巴马香猪基因组上的拷贝数变异（CNV），并探究标记密度对于CNV检测效率和准确率的影响。本研究利用319头巴马香猪（其中阉公猪160头和母猪159头）1.4M高密度SNP芯片的数据，采用PennCNV和R-Gada两种软件进行CNVs检测；然后通过重叠CNV融合法，构建拷贝数变异区域（CNVR），并用全基因组关联分析（GWAS）对频率大于5%的CNVR进行验证；最后根据不同的标记密度，均匀...
切花菊耐寒性相关SNP位点挖掘与候选基因分析
菊花 耐寒性 全基因组关联分析 候选基因
2019/12/17
以58份切花菊为试验材料，调查了脚芽期、现蕾期和盛花期叶片以及盛花期舌状花低温半致死温度（LT50），利用全基因组关联分析挖掘耐寒性相关优异等位变异和候选基因。结果表明，切花菊品种不同时期叶片或盛花期舌状花耐寒性变异较大，变异系数均大于25%；通过主效可加互作可乘（AMMI）模型的双标图分析筛选出抗寒性强且稳定性较好的品种‘天使’。基于36 737个高质量SNP位点和混合线性模型的关联分析，共挖掘...
罗氏沼虾SNP标记筛选及不同群体的遗传多样性
罗氏沼虾 SNP 直接测序法 遗传多样性
2020/5/13
罗氏沼虾因其自身的生长优势，已成为我国重要的养殖虾类，为保证其养殖的持续健康发展，对其进行遗传多样性分析。利用罗氏沼虾性腺组织转录组测序结果，参考NCBI数据库，选取60个SNP位点，以马来西亚野生群体(MW)为样本采用直接测序技术进行位点多态性检测，得到25个(41.7%)具有二等位基因位点。并对罗氏沼虾上海(SH)、浙江(ZJ)、马来西亚养殖群体(MF)、生长快品系选育群体(BG)及MW群体5...
43个SNP遗传标记复合检验体系的建立及其法医学应用
法医学 43个SNP遗传
2019/4/24
对43个SNP遗传标记的复合检验体系进行法医学应用评估。 方法 采用MALDI-TOF-MS技术检验华东地区123名汉族无关个体在43个SNP位点的分型，并根据43个SNP复合检验体系的群体遗传学参数评估其应用价值。 结果 123名个体在43个SNP位点上均符合Hardy-Weinberg平衡（P>0.05）。除rs1355366、rs2270529、rs10776839和rs938283外，其余...
将一个单倍型区块内的遗传标记单核苷酸多态性（SNP）和短串联重复序列（STR）组成SNP-STR单倍型，调查其在成都汉族人群中的分布，并探讨其在特殊亲子鉴定案例中的应用价值。 方法 选取DNA联合索引系统（combined DNA index system，CODIS）中突变率较高的基因座D18S51，与其侧翼区的3个SNP位点（rs8089331、rs8094489、rs7236090）组成SN...